2017-2022 Yılları Arasında Viral Gastroenterit Etkenlerinin Değerlendirilmesi: Bir Cerrahpaşa Deneyimi
Abstract
Amaç: Bu çalışmanın amacı, laboratuvarımızda son 5 yılda gastroenterit ön tanısı almış hastalardan
alınan örneklerde viral etken profilini değerlendirmektir.
Gereç ve Yöntem: Bu çalışmada, Nisan 2017-Ekim 2022 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Tıp
Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen akut gastroenterite (AGE) neden olabilecek
viral patojenlerin saptanması için gelen 354 gaita örneği incelenmiştir. Çalışmada multipleks
sendromik gastrointestinal panelde taranmak üzere 5 farklı viral AGE ajan (İnsan Adenovirüsü
F40/F41, Norovirüs GI, Norovirüs GII, Rotavirüs A, Astrovirüs ve Sapovirüsler) saptanan örneklerin
dağılım yüzdelerine bakılmıştır. Laboratuvarımızda multipleks sendromik gastrointestinal panelde
(QIAstat-Dx® Gastrointestinal Panel, Real-Time PCR, Qiagen, Almanya) çalışılan bu dışkı örneklerinden
elde edilen sonuçlar retrospektif olarak değerlendirilmiştir.
Bulgular: 2017-2022 arasında AGE şüphesiyle gelen 354 gaita örneğinin 105 tanesi viral etken
yönünden pozitif bulunmuşken, 249 tanesinde ise viral patojen saptanmamıştır. Pozitif bulunan 105
örnekte; 4 tane Astrovirus, 17 tane Adeonovirus, 69 tane Norovirus, 1 tane Sapovirus ve 14 tane de
Rotavirus saptanmıştır.
Sonuç: Enterik virüslerin saptanmasında nükleik asit amplifikasyon testleri (NAAT) nin kullanılması, bu
virüslerin akut gasrtoenteritlerdeki rolünün ve kapsamının aydınlatılmasında büyük bir ilerleme
olmuştur. AGE tablolarında olası viral etkenlerin hızlı ve güvenilir bir tanı yöntemi ile saptanması,
özellikle bağışıklığı baskılanmış hasta gruplarında gereksiz antimikrobiyal ilaç kullanımı da önlenmiş
olacaktır. Potansiyel AGE ajanlarının hızlı ve doğru tayini; tedavi, hastaneye yatış, enfeksiyon kontrolü
ve hastanın sağlığına kavuşması açısından uygun kararlar verilmesine ve kontrol önlemlerinin daha
hedefe uygun olarak uygulanmasına yardım edecektir. Bu sebeple AGE etkenlerinin özellikle de risk
gruplarında hızlı tanısı için moleküler testlerin yaygınlaşması ve analizlerin birçok etkene aynı anda
bakılmasına olanak sağlayacak test sistlemlerinin yaygınlaşması ile hem hızlı ve doğru sonuç açısından
hem de tüm gastroenterit etken profillerine ait sağlıklı verilerin toplanmasına destek olacağını
düşünmekteyiz.
Supporting Institution
Yazarlar bu çalışma için herhangi bir mali destek almadıklarını beyan etmişlerdir.
Project Number
-
Thanks
Yayında emeği geçen tüm akademisyenlere ve sayın hocam Prof.Dr. Kenan MİDİLLİ'ye teşekkürlerimi sunuyorum.
References
- Özdemir M, Demircili M E, Feyzioğlu B,Yavru S. İshalli Hastalarda Akut Viral Gastroenterit Etkenlerinin Araştırılması Investigation of Acute Viral Gastroenteritis Agents in Diarrhaeic. 2013;29(3):127-130.
- Çelik AY, Emiroğlu M, Kurtoğlu MG, İnci A, Odabaş D. Investigation of the Frequency of Viral Agents in Children with Acute Gastroenteritis in the 0-5 Years Age Group. Turkish J Pediatr Dis. 2016. doi:10.12956/tjpd.2016.213.
- Motamedifar M, Amini E, Shirazi PT. Frequency of rotavirus and adenovirus gastroenteritis among children in Shiraz, Iran. Iran Red Crescent Med J. 2013;15(8):729- 733. doi:10.5812/ircmj.4415.
- Tekin A. Mardin’deki akut gastroenteritli çocuklarda Rotavirüs ve Enterik Adenovirüs sıklığı. J Clin Exp Invest www clinexpinvest org Vol. 2010;1(1):41- 45. http://clinexpinvest.org/dergiler/ 1/2010_0001_0001/0113/09.pdf.
- Lopman BA, Reacher M, Gallimore C, Adak GK, Gray JJ, Brown DWG. noroviruses in England and Wales , 1995 to 2002. BMC Public Health. 2003;4:1-4.
- Iritani N, Seto Y, Kubo H, et al. Prevalence of Norwalk-like virus infections in cases of viral gastroenteritis among children in Osaka City, Japan. J Clin Microbiol. 2003;41(4):1756-1759. doi:10.1128/ JCM.41.4.1756-1759.2003.
- Cunliffe N, Witte D, Ngwira B. History of rotavirus research in children in Malawi: The pursuit of a killer. Malawi Med J. 2009;21(3):113-115. doi:10.4314/mmj. v21i3.45631.
- İnci A, Kurtoğlu MG. Bir Eğitim Ve Araştırma Hastanesinde Rotavirus Gastro- Enteriti Prevalansının Araştırılması. Turkish J Infect. 2009;23(2):79-82.
- Zheng DP, Ando T, Fankhauser RL, Beard RS, Glass RI, Monroe SS. Norovirus classification and proposed strain nomenclature. Virology. 2006;346(2):312-323. doi: 10.1016/j.virol.2005.11.015.
- Meier JL. Viral Acute Gastroenteritis in Special Populations. Gastroenterol Clin North Am. 2021;50(2):305-322. doi: 10.1016/j.gtc.2021.02.003.
- Moser LA, Schultz-Cherry S. Pathogenesis of astrovirus infection. Viral Immunol. 2005;18(1):4-10. doi:10.1089/ vim.2005.18.4.
- Becker-Dreps S, Gonzalez F, Bucardo F. Sapovirus: An emerging cause of childhood diarrhea. Curr Opin Infect Dis. 2020; 33(5):388-397. doi:10.1097/ QCO.0000000000000671.
- Becker-Dreps S, Bucardo F, Vinje J. Sapovirus: an important cause of acute gastroenteritis in children. Lancet Child Adolesc Heal. 2019;3(11):758-759. doi:10.1016/S2352-4642(19)30270-6.Sapovirus.
- Gmbh Q, Strasse Q. QIAstat-Dx ® Gastrointestinal Panel Kullanım Talimatları ( El Kitabı ). 2020.
- Wang LP, Zhou SX, Wang X, et al. Etiological, epidemiological, and clinical features of acute diarrhea in China. Nat Commun. 2021;12(1):1-12. doi:10.1038/ s41467-021-22551-z.
- Uyar Y, Carhan A, Ozkaya E, Ertek M. Evaluation of laboratory diagnosis of the first norovirus outbreak in Turkey in 2008. Mikrobiyol Bul. 2008;42(4):607- 615. ISBN:0374-9096 (Print)n0374-9096 (Linking).
- Ahmed SM, Hall AJ, Robinson AE, et al. Global prevalence of norovirus in cases of gastroenteritis: A systematic review and meta-analysis. Lancet Infect Dis. 2014;14(8):725-730. doi:10.1016/S1473- 3099(14)70767-4.
- Ospino DU, Young G, Navarro OA. Viral gastroenteritis and diversity of Rotavirus strains in Colombian children: a systematic review. J Infect Dev Ctries. 2008;2(2):99-105. doi:10.3855/T2.2.99.
- Hall AJ, Wikswo ME, Manikonda K, Roberts VA, Yoder JS, Hannah Gould L. Acute gastroenteritis surveillance through the national outbreak reporting system, United States. Emerg Infect Dis. 2013;19(8):1305-1309. doi:10.3201/ eid1908.130482.
- Wikswo M. Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-To-person contact-United States, 2009-2010. Am J Public Health. 2014;104(11):e13-e14. doi:10.2105/AJPH.2014.10411e13.
- Meqdam MM, Thwiny IR. Prevalence of group a rotavirus, enteric adenovirus, norovirus and astrovirus infections among children with acute gastroenteritis in Al-Qassim, Saudi Arabia. Pakistan J Med Sci. 2007;23(4):551-555.
- Cho SR, Chae SJ, Jung S, et al. Trends in acute viral gastroenteritis among children aged ≤5 years through the national surveillance system in South Korea, 2013– 2019. J Med Virol. 2021;93(8):4875-4882. doi:10.1002/jmv.26685.
- Fischer TK, Rasmussen LD, Fonager J. Taking gastro-surveillance into the 21st century. J Clin Virol. 2019;117(March): 43-48. doi:10.1016/j.jcv.2019.05.013.
Abstract
Project Number
-
References
- Özdemir M, Demircili M E, Feyzioğlu B,Yavru S. İshalli Hastalarda Akut Viral Gastroenterit Etkenlerinin Araştırılması Investigation of Acute Viral Gastroenteritis Agents in Diarrhaeic. 2013;29(3):127-130.
- Çelik AY, Emiroğlu M, Kurtoğlu MG, İnci A, Odabaş D. Investigation of the Frequency of Viral Agents in Children with Acute Gastroenteritis in the 0-5 Years Age Group. Turkish J Pediatr Dis. 2016. doi:10.12956/tjpd.2016.213.
- Motamedifar M, Amini E, Shirazi PT. Frequency of rotavirus and adenovirus gastroenteritis among children in Shiraz, Iran. Iran Red Crescent Med J. 2013;15(8):729- 733. doi:10.5812/ircmj.4415.
- Tekin A. Mardin’deki akut gastroenteritli çocuklarda Rotavirüs ve Enterik Adenovirüs sıklığı. J Clin Exp Invest www clinexpinvest org Vol. 2010;1(1):41- 45. http://clinexpinvest.org/dergiler/ 1/2010_0001_0001/0113/09.pdf.
- Lopman BA, Reacher M, Gallimore C, Adak GK, Gray JJ, Brown DWG. noroviruses in England and Wales , 1995 to 2002. BMC Public Health. 2003;4:1-4.
- Iritani N, Seto Y, Kubo H, et al. Prevalence of Norwalk-like virus infections in cases of viral gastroenteritis among children in Osaka City, Japan. J Clin Microbiol. 2003;41(4):1756-1759. doi:10.1128/ JCM.41.4.1756-1759.2003.
- Cunliffe N, Witte D, Ngwira B. History of rotavirus research in children in Malawi: The pursuit of a killer. Malawi Med J. 2009;21(3):113-115. doi:10.4314/mmj. v21i3.45631.
- İnci A, Kurtoğlu MG. Bir Eğitim Ve Araştırma Hastanesinde Rotavirus Gastro- Enteriti Prevalansının Araştırılması. Turkish J Infect. 2009;23(2):79-82.
- Zheng DP, Ando T, Fankhauser RL, Beard RS, Glass RI, Monroe SS. Norovirus classification and proposed strain nomenclature. Virology. 2006;346(2):312-323. doi: 10.1016/j.virol.2005.11.015.
- Meier JL. Viral Acute Gastroenteritis in Special Populations. Gastroenterol Clin North Am. 2021;50(2):305-322. doi: 10.1016/j.gtc.2021.02.003.
- Moser LA, Schultz-Cherry S. Pathogenesis of astrovirus infection. Viral Immunol. 2005;18(1):4-10. doi:10.1089/ vim.2005.18.4.
- Becker-Dreps S, Gonzalez F, Bucardo F. Sapovirus: An emerging cause of childhood diarrhea. Curr Opin Infect Dis. 2020; 33(5):388-397. doi:10.1097/ QCO.0000000000000671.
- Becker-Dreps S, Bucardo F, Vinje J. Sapovirus: an important cause of acute gastroenteritis in children. Lancet Child Adolesc Heal. 2019;3(11):758-759. doi:10.1016/S2352-4642(19)30270-6.Sapovirus.
- Gmbh Q, Strasse Q. QIAstat-Dx ® Gastrointestinal Panel Kullanım Talimatları ( El Kitabı ). 2020.
- Wang LP, Zhou SX, Wang X, et al. Etiological, epidemiological, and clinical features of acute diarrhea in China. Nat Commun. 2021;12(1):1-12. doi:10.1038/ s41467-021-22551-z.
- Uyar Y, Carhan A, Ozkaya E, Ertek M. Evaluation of laboratory diagnosis of the first norovirus outbreak in Turkey in 2008. Mikrobiyol Bul. 2008;42(4):607- 615. ISBN:0374-9096 (Print)n0374-9096 (Linking).
- Ahmed SM, Hall AJ, Robinson AE, et al. Global prevalence of norovirus in cases of gastroenteritis: A systematic review and meta-analysis. Lancet Infect Dis. 2014;14(8):725-730. doi:10.1016/S1473- 3099(14)70767-4.
- Ospino DU, Young G, Navarro OA. Viral gastroenteritis and diversity of Rotavirus strains in Colombian children: a systematic review. J Infect Dev Ctries. 2008;2(2):99-105. doi:10.3855/T2.2.99.
- Hall AJ, Wikswo ME, Manikonda K, Roberts VA, Yoder JS, Hannah Gould L. Acute gastroenteritis surveillance through the national outbreak reporting system, United States. Emerg Infect Dis. 2013;19(8):1305-1309. doi:10.3201/ eid1908.130482.
- Wikswo M. Outbreaks of acute gastroenteritis transmitted by person-To-person contact-United States, 2009-2010. Am J Public Health. 2014;104(11):e13-e14. doi:10.2105/AJPH.2014.10411e13.
- Meqdam MM, Thwiny IR. Prevalence of group a rotavirus, enteric adenovirus, norovirus and astrovirus infections among children with acute gastroenteritis in Al-Qassim, Saudi Arabia. Pakistan J Med Sci. 2007;23(4):551-555.
- Cho SR, Chae SJ, Jung S, et al. Trends in acute viral gastroenteritis among children aged ≤5 years through the national surveillance system in South Korea, 2013– 2019. J Med Virol. 2021;93(8):4875-4882. doi:10.1002/jmv.26685.
- Fischer TK, Rasmussen LD, Fonager J. Taking gastro-surveillance into the 21st century. J Clin Virol. 2019;117(March): 43-48. doi:10.1016/j.jcv.2019.05.013.
Details
| Primary Language | Turkish |
|---|---|
| Subjects | Clinical Sciences |
| Journal Section | Research article |
| Authors | |
| Project Number | - |
| Publication Date | July 31, 2023 |
| Acceptance Date | May 22, 2023 |
| Published in Issue | Year 2023 Volume: 6 Issue: 2 |
All site content, except where otherwise noted, is licensed under a Creative Common Attribution Licence. (CC-BY-NC 4.0)
